L’institut a à sa tête un directeur nommé pour 4 ans (1 fois renouvelable).

La direction s’appuie sur un conseil scientifique , un conseil de l’Unité mixte et un comité d’orientation et de surveillance.

L’IRCCyN est soumise à l’évaluation du CNRS (section 07, 09 et 29) et de l’Institut des Sciences de l’Ingénierie et des Systèmes (INSIS), l’Institut des Sciences Informatiques et de leurs Interactions (INS2I), l’Institut des Sciences Biologiques (INSB).

Un Comité d’évaluation, nommé par le Directeur du CNRS examine périodiquement son activité.