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Collaborations MeForBio

Financements

Current
  • GRIOTE (Région Pays de la Loire 2013-2017)
  • BioTempo (ANR 2011-2014)
  • GDRE SysBio: European Network in Systems Biology (CNRS – MPG 2007-2011 and 2011-2015)
Former
  • Circlock (PEPII CNRS 2011-2012)
  • TiGeRNet (German-French Procope 2009-2010)
  • BIL (Région Pays de Loire 2007-2010)
  • BioAtlanStic (AtlanSTIC 2006-2008)

Collaborations internationales

French methodological partners

  • LINA, Univ. Nantes. Combi team.
  • Dyliss, INRIA Rennes.
  • I3S, Univ. Nice.

Biological partners (Human models)

Logiciels MeForBio

Serveur Mobyle BioTempo

Un portail web réunissant un ensemble d'applications propres au projet ANR BioTempo.
http://mobyle.biotempo.univ-nantes.fr/cgi-bin/portal.py#welcome

caspo

Une combinaison de PyASP et CellNOpt offrant une interface simplifiée pour l'apprentissage de modèles booléens décrivant la réponse immédiate de réseaux de signalisation.
http://caspo.genouest.org/

PIDtoSIF

Une méthode d'extraction de graphes d'interactions qui concernent le lien entre la stimulation du facteur de croissance et l'état des gènes et de la cellule, extraits de la Pathways Interaction Database. Les graphes extraits sont laissés au format Cytoscape.
http://tigacenter.bioquant.uni-heidelberg.de/supplements/inferringFromPID.html

BioASP

Une Implémentation en programmation par ensembles de réponses (Answer Set Programming) permettant de traiter plusieurs problèmes de biologie systémique.
http://www.cs.uni-potsdam.de/~sthiele/bioasp/http://www.cs.uni-potsdam.de/~sthiele/bioasp/

BioQuali

Compatibilité et inférence de la variation des produits d'un réseau biologique :

Pint

Pint implémente le langage, la simulation, l'analyse formelle et la traduction de modèles de frappes de processus (ou : Process Hitting), qui est un formalisme récent adapté à la modélisation de réseaux biologiques dynamiques et qualitatifs. Les frappes de processus offrent des possibilités d'analyse statique très puissantes pour les propriétés dynamiques, incluant la recherche de points fixes, d'atteignabilités successives, et de cut sets d'atteignabilité. Loïc Paulevé a créé Pint durant son doctorat au sein de l'équipe MeForBio ; il continue à maintenir et enrichir cet outil. Pint comprend aussi des contributions de Maxime Folschette.
http://loicpauleve.name/pint/
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